Sau khi thu hái, nấm sẽ bị biến đổi toàn diện các trạng thái hóa lí lẫn sinh học. Biết được nguyên nhân chắc chắn sẽ giúp bạn có những biện pháp bảo quản nấm tốt hơn, tránh nấm hỏng rồi gây thiệt hại kinh tế.
Khối lượng nấm giảm dần do hô hấp, do bốc hơi nước thoát khỏi thân nấm.
Không cần enzyme xúc tác) liên quan dến sự biến đổi của chất đường, do phản ứng với các hợp chất bị oxid hóa khác (các hợp chất amin hoặc acid hữu cơ). Quá trình hóa nâu diễn ra rất chậm. Nấm bị hóa nâu sẽ giảm giá trị bán so với nấm thường.
Sau 4 ngày bảo quản, lượng đường đa ở nấm thường trên 10% giảm xuống dưới 5%. Trong khi đó, chitin ở vách tế bào lại tăng lên 50% làm tai nấm trở nên dai chắc hơn.
Chất béo trong nấm cũng bị biến đổi, bao gồm các acid béo không no do oxid hóa trở mùi, thậm chí gây độc cho người dùng. Trường hợp này có thể thấy ở nấm chứa nhiều acid béo không no.
Nấm hóa nâu vì chứa men (enzyme) polyphenoloxidase (polyphenolase hay phenolase). Men này xúc tác phản ứng oxid hóa hợp chất phenolic không màu của nấm thành quinon, là chất có màu đỏ đến nâu đỏ.
Quinon kết hợp với các chuyển hóa chất của acid amin thành phức hợp màu nâu sậm. Phản ứng xảy ra với sự hiện diện của oxy và làm nấm chuyển sang nâu.
Sự chuyển pha của nước (từ pha lỏng sang pha hơi): nấm thường chứa rất nhiều nước (85~95%), lượng nước này mất rất nhanh do quá trình bốc hơi.
Ở tai nấm dạng búp có hiện tượng mất nước, nhưng nước sẽ bốc hơi nhanh khi mũ nấm mở và phiến phát triển hoàn chỉnh. Nước cũng bốc hơi nhanh khi để nơi có gió và không khí nóng khô.
Nấm đã hái rời khỏi mô vẫn còn tiếp tục quá trình sống và vì vậy vẫn hô hấp, thải khí CO2 và hơi nước ra ngoài môi trường. Cường độ hô hấp tỉ lệ nghịch với thời gian bảo quản, nghĩa là cường độ càng cao thì thời gian bảo quản càng ngắn đi và ngược lại.
Nấm có độ ẩm cao hoặc làm khô chưa tới (trên 12% độ ẩm) hoặc nấm khô bị hút ẩm trở lại… Có thể bị nhiễm vi sinh (nhiễm trùng hoặc mốc). Sản phẩm bị nhiễm trùng sẽ bị thối nhũn, hôi ê. Nếu nhiễm mốc thì nấm tích lũy độc tố và biến chất hẳn.